注射流腦疫苗是為了預防流行性腦脊髓膜炎（簡稱流腦）。此病是由腦膜炎雙球菌引起的急性呼吸道傳染病，在冬春季發病和流行，主要是15歲以下的小兒發病，表現為高熱、劇烈頭疼、噴射性嘔吐、皮膚上有小出血點、頸項強直、昏迷、驚厥、休克等，病死率比較高。
小兒在出生滿六個月時就要注射流腦疫苗，一般基礎針只注射一次（但在流行地區三個月后要復種一次）。第二年必須加強一次，才能維持有效的抗體水平。此疫苗與乙腦疫苗一樣是有季節性的，流腦一般在2～4月份為流行高峰期，因此流腦疫苗在這之前1～2個月時注射，注射后7～10天可化驗出血清內出現保護性抗體，2～4周達高峰，這時正好進入流腦流行高峰期，抗體起到保護作用使小兒不得病。
大部分地區還在11～12月份注射流腦疫苗（北京地區在12月份），如果你的孩子在9月份已滿6個月，要等到12月份才注射流腦疫苗，如果在12月份注射流腦疫苗期間你的孩子才滿6個月齡，那就要等到下一年的12月份才能注射。
接種流腦疫苗后的反應比較輕微，偶爾有人出現短暫低熱，有些大孩子(8～12歲)偶爾出現過敏反應，即在接種后的十幾小時皮膚出現皰疹等，此時應請醫生診治。注射局部可能出現紅暈和壓痛，一般在24小時內消退，不用特殊處理。